纵火者
[隶属]总会屋
擅长以超自然火焰烧死被自己拳头击中的敌人的火遁拳高手,他靠着强大的忍术和空手道实力欺压兇恶的黑道集团,揭露了黑社会中的食物链关係。他最大的不幸,就是在市民、黑道、忍者这个无可动摇的金字塔结构之上,还有名为忍者杀手的恐怖掠食者存在。
破云者
[隶属]小村重工
隶属于小村重工的忍者特务。擅长使用喷射背包和电磁刀等武器,靠着难缠的空中杀法和对工业的爱让忍者杀手陷入苦战。身为黑暗巨型企业的小村重工旗下拥有许多类似破云者和爆破者这样的工业忍者。
死月
[隶属]无
与武装灵车「老鼠快跑DⅢ」住在一起的地下搬运专家。他的个性与那头充满攻击性的倒莫西干头短髮正好相反,绝不会感情用事,总是保持着沉着冷静,喜欢以「佛陀宇宙」为代表的黑暗电子嘻哈乐曲。他拥有极度强烈的敬业精神,即使说他的双眼、双手和活体LAN端子都是为了驾驶武装灵车而特地改造的也不为过。
亡灵
[隶属]总会屋/INW
李医师率领的INW(殭尸忍者研究囤队)为了总会屋而製造的第一号战斗用殭尸忍者。外表看起来就像是一具穿着忍者装束的老人尸体,可能是由于殭尸萃取液的影响,他的双眼闪烁着紫色的光芒,他靠着将身为尸体的优势发挥到极致的不死流空手道让忍者杀手陷入苦战。
卓柏卡布拉
[隶属]无
在好好先生製药工厂的爆炸意外中诞生的UMA忍者,在中国地区的小玉丛林里不断进行猎奇的水牛解剖屠杀行为。夜行性、拥有利爪、啮里长着吸血器官、爱吃水牛……其生态只能从这些零碎的情报推测得知。忍者杀手和南希怀疑这起事件可能与忍者有关,于是主动前往调查。但是……
末日圣战
[隶属]无
他的本名是乱·修一。反佛教黑金属乐团「神奈川」的前任吉他手兼主唱。外观特徽是黑色裤裙、黑色长髮、画着白妆的脸、独臂护手、以及染血的大斧等。因为音乐理念上的差异而与身为鼓手的地狱之门等人展开激烈的死斗后,便脱离神奈川,不断进行炸掉大佛和屠杀神主之类的残忍行为。虽然他试图煽动反佛教军团攻陷霞关神社圣堂,但最后仍以失败收场。
掷弹者
[隶属]总会屋
以特殊手裏剑「八方手裏剑」为武器的总会忍者。虽然不擅长近身搏斗,却拥有优秀的忍者追蹤能力,以及巧妙运用黑道複製人的指挥能力,是一名实力不差的忍者,正在执行抹杀不断击败追兵的「总会屋敌人」——矢本·小季的任务。比一般手裏剑还要巨大的八方手裏剑可以暗藏各种特殊机关,是相当难对付的武器。
蝎狮
[隶属]INW
殭尸忍者研究团队的李医师所制进出的生化忍者。说到李医师总会让人联想到殭尸忍者,但总会忍者之中也有许多像是蛇怪和这名蝎狮一样由他改造而成的生化忍者。由于过度极端的改造而导致理性衰退的蝎狮,正可说是一连串的邪恶忍者实验所造成的副产物,
鹤大师&龟大师
[隶属]未知
头上戴着舞狮般面具的神秘忍者二人组。拥有八英尺高的巨大身躯,包覆着他们身体的忍者装束上写着无数的「鹤」字与「龟」字,他们从火场中回收被打断的妖刀,并且送回到黑暗忍者手中。虽然不清楚其动机,但他们被称作「命运引导者」,而且似乎试图将黑暗忍者引导至「更高次元的命运」。另外,据说鹤大师能看见过去,而龟大师则能看见未来。
魔鬼鱼
[隶属]总会屋
总会六门众其中一人。在所泽大厦最终决战,严酷的六门众六连战中第一位登场的敌人。他在小村重工的研究所中接受过活体机械化改造手术,在背上装了十根机械触手,因为这檨,他不但可以同时掷出十二枚手裏剑,还能靠着将触手刺进柱子并拉动身体来闪躲敌人的致命空手道攻击,使出千变万化的立体战法,是一名不可小觑的敌人。
刀锋
[隶属]总会屋
总会六门众其中一人,在所泽大厦最终决战,严酷的六门众六连战中第二位登场的敌人。全身上下每个角落都藏着展开式的陶瓷武士刀。其中最为强力的是从腰部左右两侧展开的武士刀,只要在展开这个必杀武器时快速奔跑,他就能像是古罗马战车上的镰刀一样一边迅速移动,一边把在左右排成一列的二十名黑道複製人砍成两段。
水刑者
[隶属]总会屋
总会六门众其中一人,在所泽大厦最终决战,严酷的六门众六连战中第三位登场的敌人,他擅长靠着能够将水中战斗能力发挥到极致的断水流空手道,单方面攻击处于不利状况之下的敌人。他用来迎战忍者杀手的水刑处刑室,是能够让他本人的风林火山战法发挥到极致的可怕战场。
犰狳
[隶属]总会屋
总会六门众其中一人。在所泽大厦最终决战,严酷的六门众六连战中第四位登场的敌人。他本人一如其名,擅长像犰狳一样捲起身体然后滚动冲撞敌人的战法。靠着快速滚动与坚硬的背部装甲的加乘效果,当他发动突击时可以让敌人的攻击变得几乎完全无效。
守门人
[隶属]总会屋
他是总会集团中资历最深的元老级忍者,也是六门众的创办人。在所泽大厦最终决战,严酷的六门众六连战中最后登场的敌人。虽然致力于管理并维持总会屋的黑暗统治体系的他已经很少出现在战场上,不过他那利用能够将超自然力量附加在物质上的强化忍术来施展的攻防一体的双拐流空手道,比起过去丝毫没有退步的迹象。
蜘蛛
[隶属]总会屋
总会集团的隐藏忍者,集团中只有老元·宽知道他的存在,他的职责是防备组织内部的下克上行为,因此也能算是个活生生的鸣子陷阱。他靠着类似不动附身之术的忍术操纵着花魁观卫暗杀部队,袭击忍者杀手。
废人
[隶属]总会屋
以可怕的精神攻击袭击在所泽大厦中前进的忍者杀手的咒杀忍者。已经处于半死不活状态下的他被紧紧绑在大厦内部,不断诉说着潜藏于自己内心深处的恐惧、疑惑和后悔之类的感情,最后终于导致自我意志的破灭。只要有仔细阅读前面的故事,应该就能猜到他过去的身分才对。
老元之声
[隶属]总会屋
神秘人物。虽然他过去曾经是前途无可限量的创投公司的年轻CEO,但认识老元后便沦落为专门拍马屁的总会忍者,组织里没人知道被他捨弃的旧名字是什么。